Nascido em Mendrisio, na Suíça, em 1943, estudou no Liceu Artístico em Milão.

De 1965 a 1969, estudou no Instituto Universitário di Architecttura em Veneza. Durante este período, trabalhou como assistente de Le Corbusier e, em seguida, com Louis I. Kahn. Ele abriu seu próprio escritório em Lugano, Suíça, em 1970.

Essencialmente modernista, Mario Botta foi fortemente influenciado por Carlo Scarpa e Louis Kahn, embora suas obras mais tarde aceitaram a forma e o estilo como o ponto de partida do projeto, Botta ainda adere a uma filosofia de arquitetura histórica em que atua como um espelho do seu tempo.

Tem como característica mostrar respeito pelas condições topográficas e regionais, enfatiza a sensibilidade de desenhos geométricos e artesanais. Procura conciliar a arquitetura tradicional com o simbolismo estético, regras do Movimento Moderno.
No inicio de sua carreira, trabalhava exclusivamente na Suíça, mas ganhou aclamação internacional por causa de seus projetos.